Bei der Bestellung eines Whirlpools muss man sich gründlich informieren, wie dieser in Betrieb zu nehmen ist. Meistens kauft man sich einen solchen kleinen Luxus-Badetempel ja mit dem Service der Lieferung und des Aufbaus. Hier muss der Kunde also keine Angst haben, dass etwas nicht so läuft, wie es dem Pool gut tut. Fehler beim Aufbau sind hier quasi auszuschließen. Dennoch sollte man es nicht versäumen, den Erklärungen des Service Teams zuzuhören, um einen hygienischen und somit bedenkenlosen Betrieb des Whirlpools zu gewährleisten.
Vor dem ersten Bad müssen alle Whirlpools gereinigt werden. In den Leitungen, vor allem im Inneren des Systems, befindet sich eventuell noch Schmutz von der Produktion. Dieser muss sorgfältig herausgewaschen werden. Hat man einen eingebauten Reinigungsmechanismus mit den Whirlpools gekauft, muss dieser mit dem entsprechenden Reinigungsmittel, das es in der Zubehör Abteilung im Whirlpool Shop zu kaufen gibt, in Gang gesetzt werden. Sind alle Verunreinigungen entfernt, kann das erste Bad genossen werden. Verfügen Whirlpools nicht über ein solches Reinigungssystem, muss etwas Wasser eingelassen, der Reiniger beigemengt, und das System für mindestens 15 Minuten eingeschaltet werden. Das Wasser läuft über den Abfluss ab, wie auch später das Badewasser, nachdem die Whirlpools feierlich eingeweiht wurden.
Das feuchte und warme Klima, das im Inneren des Leitungssystems herrscht, ist ideal für das Wachstum der verschiedensten Bakterien. Diese müssen natürlich eliminiert werden, denn sonst besteht ein gesundheitliches Risiko für die, die in den Whirlpools baden. Also muss auch nach der Inbetriebnahme des Whirlpools stets für hygienische Verhältnisse, sprich, für eine regelmäßige Reinigung gesorgt werden.