Für die Befüllung von allen handelsüblichen Wasserbetten mit Wasser ist nicht unbedingt ein spezielles Wasser erforderlich. Es reicht das ganz normale Leitungswasser aus, dass über einen Schlauch und einen Befülladapter mit dem Wasserbett verbunden und so aufgefüllt wird. Damit sich im Wasser der Wasserbetten keine Bakterien oder Algen bilden können, wird dem Wasser in regelmäßigen Abständen ein Conditioner zugeführt.
In diesem sind biozide Wirkstoffe enthalten, sodass eine Bildung von Algen und Bakterien unterdrückt und das Mittel gleichmäßig im gesamten Wasserbett verteilt wird. Die meisten Hersteller empfehlen das Zufügen vom Conditioner alle zwei bis drei Monate, teilweise auch nur alle halbe Jahre. Oftmals findet man in den Anleitungen für ein Wasserbett auch den Hinweis, dass ein spezielles Wasser empfehlenswert ist. Hierbei handelt es sich dann um eine entmineralisiertes, entsalztes oder ein destilliertes Wasser. Bei letzterem handelt es sich nicht um das destillierte Wasser, was man vom Bügeln her kennt, sondern um ein entmineralisierte destilliertes Wasser.
Dieses „echte“ destillierte Wasser ist ungemein teuer und wird üblicherweise für die Herstellung von Medikamenten verwendet. Auch entsalztes Wasser hat einen sehr hohen Preis und soll angeblich die Keimung von Wasser in den Wasserbetten verhindern. Allerdings ist nicht nachgewiesen, ob dies wirklich der Fall ist, denn schließlich kann man es kaum vermeiden, dass bei der Befüllung Keime mit in das Wasser gelangen. Außer man würde die Wasserbetten in einem Reinraum befüllen, was undenkbar ist. Zudem kann es sein, dass das behandelte Wasser auch aggressiv reagiert, darunter würde das Vinyl des Wasserbettes sehr leiden und porös werden.